El Sistema de Educación Superior de Honduras es un conjunto de instituciones públicas y privadas que ofrecen programas académicos de nivel superior, incluyendo universidades, institutos técnicos, y otras instituciones de educación superior.
Honduras cuenta con varias universidades públicas y privadas que ofrecen una amplia variedad de programas académicos, desde licenciaturas hasta posgrados. Algunas de las universidades más prominentes incluyen la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH), la Universidad Tecnológica Centroamericana (UNITEC), la Escuela Agrícola Panamericana (EAP), la Universidad Pedagógica Nacional Francisco Morazán (UPNFM) y la Universidad Católica de Honduras (UNICAH). Todo esto varía según los rankings internacionales de cada año.
La Dirección de Educación Superior, es el órgano ejecutivo de las resoluciones del Consejo de Educación Superior. Actúa como Secretaría del Nivel y su director (a) es el medio de comunicación y enlace con los centros de educación superior. Su organización estará determinada en el reglamento de la Dirección.
En el cumplimiento de sus funciones el director o directora de la Dirección de Educación Superior, integrará en un sistema homogéneo a los centros de educación superior, respetando las características propias de sus campos educativos.
El Sistema de Educación Superior de Honduras está conformado por 22 Instituciones de Educación Superior legalmente acreditadas, de las cuales, 6 universidades son públicas y 16 universidades son privadas.