Son las instituciones legalmente autorizadas para impartir programas de formación superior en el país, en los grados técnico universitario, licenciatura, maestría, especialidad, subespecialidad y doctorado.
Actualmente, el Sistema cuenta con 22 instituciones, 6 son públicas y 16 privadas. La creación. organización, funcionamiento y supervisión de las IES se fundamenta en la Ley de Educación Superior y sus Reglamentos.